伯杰氏鑒定手冊(cè)
《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》(Bergey’s manual of systematic bacteriology(second edition,20xx年第1版,后于1925、1930、1934、1939、1948、1957、1974年相繼出版了第2至第8版,每個(gè)版本都反映了當(dāng)時(shí)細(xì)菌學(xué)發(fā)展的新成就。其中第8版有美、英、德、法等14個(gè)國(guó)家的細(xì)菌學(xué)家參加了編寫(xiě)工作,對(duì)系統(tǒng)內(nèi)的每一屬和種都做了較詳細(xì)的屬性描述。近年來(lái),由于細(xì)胞學(xué)、遺傳學(xué)和分子生物學(xué)的滲透,大大促進(jìn)了細(xì)菌分類(lèi)學(xué)的發(fā)展,使分類(lèi)系統(tǒng)與真正反映親緣關(guān)系的自然體系日趨接近 。第9版(1984,1986)中實(shí)質(zhì)性的變化,象征著細(xì)菌分類(lèi)學(xué)的發(fā)展進(jìn)入新的階段 。第一,手冊(cè)更名,原書(shū)名為《伯杰氏鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》(Bergey's Manual of Determinative Bacteriology),第9版由于內(nèi)容增加,范圍擴(kuò)大,提高了手冊(cè)的實(shí)用性,同時(shí)指出各類(lèi)細(xì)菌間的關(guān)系,所以改名為《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》;第二,由1卷分成4卷,這是考慮到能及時(shí)反映新進(jìn)展和使用者的方便;第三,細(xì)菌在生物界的地位,8、9版間無(wú)變動(dòng),但它們的高級(jí)分類(lèi)單位有很大變化(見(jiàn)下表),尤其嗜鹽細(xì)菌和產(chǎn)甲烷細(xì)菌,根據(jù)胞壁分析和DNA序列分折,另列疵壁菌門(mén),古細(xì)菌綱;第四,趨近自然體系,在各級(jí)分類(lèi)單位中全面應(yīng)用核酸研究;在表型特征的基礎(chǔ)上,以DNA資料給予決定性的判斷。使人為的分類(lèi)體系過(guò)渡到自然體系的理想進(jìn)一步付諸實(shí)現(xiàn)。
細(xì)菌高級(jí)分類(lèi)單位
原核生物界(Procaryotae)
薄壁菌門(mén)(Gracilicutes)
暗細(xì)菌綱(Scotobacteria)
無(wú)氧光細(xì)菌綱(Anoxyphotobacteria)
產(chǎn)氧光細(xì)菌綱(Oxyphotobacteria)
厚壁菌門(mén)(Firmicutes)
厚壁菌綱(Firmicuteria)
放線(xiàn)菌綱(Thallobacteria)
軟壁菌門(mén)(Tendericutes)
柔膜菌綱(Mollicuteria)
疵壁菌門(mén)(Mendosicutes)
古細(xì)菌綱(Archacobacter
伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)(20xx年第一版開(kāi)始發(fā)行以來(lái),細(xì)菌分類(lèi)已取得了巨大進(jìn)展,新命名的種成倍增加、新描述的屬也在170個(gè)以上,尤其是80年代末以來(lái),rRNA、DNA、蛋白質(zhì)序列分析方法日趨實(shí)用,因而為細(xì)菌的系統(tǒng)發(fā)育積累了不少新的資料。因此已經(jīng)有可能對(duì)其第一版進(jìn)行新的修訂。第二版預(yù)計(jì)分5卷出版,從已報(bào)導(dǎo)的資料看,它更多地依靠系統(tǒng)發(fā)育資料對(duì)細(xì)菌分類(lèi)群的總體安排進(jìn)行了較大的調(diào)整。第二版將原核生物分為30組,5卷大致的內(nèi)容安排如下:?
第一卷:1~14組。包括古生菌、藍(lán)細(xì)菌、光合細(xì)菌和最早分支的屬?
第二卷:15~19組。包括變形桿菌(屬革蘭氏陰性真細(xì)菌類(lèi))?
第三卷:20~22組。包括低G+C含量的革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌?
第四卷:23組。包括高G+C含量的革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌(放線(xiàn)菌類(lèi))?
第五卷:24~30組。包括浮霉?fàn)罹、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和梭桿菌(屬革蘭氏陰性細(xì)菌類(lèi))?
有關(guān)系統(tǒng)手冊(cè)第二版的分類(lèi)大綱見(jiàn)下表?
表 伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)第二版分類(lèi)綱要
分類(lèi)群 代表屬
一、古生菌、藍(lán)細(xì)菌、光合細(xì)菌和最早分支的屬古生菌
嗜泉古生菌界(Crenarchaeota)
1 組 熱變形菌、硫化葉菌和嗜壓菌 熱變形菌屬(Thermoproteus)、硫化葉菌 屬(Sulfolobus)
廣古生菌界 (Euryarchaeota)
2 組 產(chǎn)甲烷菌 甲烷桿菌屬(Methanobacterium)
3 組 鹽桿菌 鹽桿菌屬(Halobacterium)、鹽球菌屬(Halococcus)
4 組 熱原體 熱原體屬(Thermoplasma)等
5 組 熱球菌 古生球菌屬(Archaeoglobus)、熱球菌屬(Thermococcus)
最早分支的屬
細(xì)菌(真細(xì)菌)
6 組 產(chǎn)液菌和有關(guān)的細(xì)菌 產(chǎn)液菌屬(Aquifex)、氫桿菌屬(Hydrogenobacter)
7 組 熱袍菌和地袍菌 熱袍菌屬(Thermotoga)、地袍菌 屬(Geotoga)、熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium)
8 組 異常球菌 異常球菌屬(Deinococcus)
9 組 棲熱菌 棲熱菌屬(Thermus)、磁桿菌屬(Magnetobacterium)
10組 產(chǎn)金色菌 產(chǎn)金色菌屬(Chrisiogenes)
11組 綠屈撓菌和滑柱菌 綠屈撓菌屬(Chloroflexus)、滑柱菌屬(Herpetosiphon)
12組 熱微菌 熱微菌屬(Thermomicrobium)
13組 原綠藍(lán)細(xì)菌和藍(lán)細(xì)菌 原綠藍(lán)細(xì)菌屬(Prochloron) 、聚球藍(lán)細(xì)菌屬(Synechococcus)、顫藍(lán)細(xì)菌屬(Oscillatoria)、魚(yú)腥藍(lán)細(xì)菌屬(Anabaena) 、念珠藍(lán)細(xì)菌屬(Nostoc)、真枝藍(lán)細(xì)菌屬(Stigonema)等
14組 綠菌 綠菌屬(Chlorobium)、暗網(wǎng)菌屬(Pelodictyon)
二、變形桿菌
細(xì)菌
變形桿菌界 (Proteobacteria)
15組 α?變形桿菌 紅螺菌屬(Rhodospirillum)、立克次氏體屬(Rickettsia)、柄桿菌屬(Caulobacter)、根瘤菌屬(Rhizobium)、布魯氏菌屬(Brucella)、硝化桿菌屬(Nitrobacter)、甲基桿菌屬(Methylobacteriun)等
16組 β?變形桿菌 奈瑟氏菌屬(Neisseria)、產(chǎn)堿桿菌 屬(Alcaligenes)、亞硝化單胞菌屬(Nitrosomonas)、嗜甲基菌屬(Methylophilus)、硫桿菌 屬(Thiobacillus)、伯克霍爾德氏菌屬(Burkholderia)等
17組 γ?變形桿菌 著色菌屬(Chromatium)、亮發(fā)菌屬( Leucothrix)、軍團(tuán)菌屬(Legionella)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、固氮菌屬(Azotobacter )、弧菌屬(Vibrio)、埃希氏菌屬(Escherichia)、克雷伯氏菌屬(Klebsiella)、變形桿菌屬 (Proteus)、沙門(mén)氏菌屬(Salmonella)、志賀氏菌屬(Shigella)、伊爾森氏菌屬(Yersinia) 、嗜血桿菌屬(Haemophilus)
18組 δ?變形桿菌 脫硫弧菌屬(Desulfovibrio)、蛭 弧菌屬(Bodellovibiro)、粘球菌屬(Myxococcus)、多囊菌屬(Polyangium)
19組 ε?變形桿菌 彎曲桿菌屬(Campylobacter)、螺桿菌屬(Helicobacter)
三、低G+C含量的革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌
20組 梭菌和有關(guān)的細(xì)菌 梭菌屬(Clostridium)、消化鏈 球菌屬(Peptostreptococcus)、真桿菌屬(Eubacterium)、脫硫腸狀菌屬(Desulfotomaculum )、韋榮氏菌屬(Veillonella)等
21組 柔膜菌 枝原體屬(Mycoplasma)、尿原體屬(Ureaplasma)、螺原體屬(Spiroplasma)、無(wú)膽甾原體屬(Acholeplasma)
22組 芽孢桿菌和乳桿菌 芽孢桿菌屬(Bacillus)、顯核菌屬(Caryophanon)、類(lèi)芽孢桿菌屬(Paenibacillus)、高溫放線(xiàn)菌屬(Thermoactinomyces)、乳桿菌屬( Lactobacillus)、鏈球菌屬(Streptococcus)、腸球菌屬(Enterococcus)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)、利斯特氏菌屬(Listeria)
四、高G+C含量的革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌
23組 放線(xiàn)桿菌綱(Actinobacteria) 放線(xiàn)菌屬(Actinomyces)、微球菌屬(Micrococcus)、節(jié)桿菌屬(Arthrobacter)、棒桿菌屬(C orynebacterium)、分枝桿菌屬(Mycobacterium)、諾卡氏菌屬(Nocardia)、游動(dòng)放線(xiàn)菌屬(A ctinoplanes)、丙酸桿菌屬(Propionibacterium)鏈霉菌屬(Streptomyces)、高溫單孢菌屬( Thermomonospora)、弗蘭克氏菌屬(Frankia)、馬杜拉放線(xiàn)菌屬(Actinomadure)、雙歧桿菌 屬(Bifidobacterium)
五、浮霉?fàn)罹、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和梭桿菌
24組 浮霉?fàn)罹、衣原體和有關(guān)的細(xì)菌 浮霉?fàn)罹鷮?Planctomyces)、衣原體屬(Chlamydia)
25組 螺旋體 螺旋體屬(Spirochaeta)、疏螺旋體屬(Borrelia)、 密螺旋體屬(Treponema)、小蛇菌屬(Serpulina)、鉤端螺旋體屬(Leptospira)
26組 絲狀桿菌 絲狀桿菌屬(Fibrobacter)
27組 擬桿菌 擬桿菌屬(Bacteriodes)、卟啉單胞菌屬(Porphyromonas)、普雷沃氏菌屬(Prevotella)
28組 黃桿菌 黃桿菌屬(Flavobacterium)
29組 鞘氨醇桿菌、屈撓桿菌和噬纖維菌 鞘氨醇桿菌屬(Sphingobacterium)、屈撓桿菌屬(Flexibacter)、噬纖維菌屬(Cytophaga)
30組 梭桿菌 梭桿菌屬(Fusobacterium)
第二版更多地采用核酸序列資料對(duì)分類(lèi)群進(jìn)行新的調(diào)整,無(wú)疑這是細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育分類(lèi)的重大進(jìn)展,但另一方面,我們也應(yīng)看到:在某些類(lèi)群中,由于序列特征與某些重要的表型特征相矛盾,這將給主要按表型特征進(jìn)行細(xì)菌鑒定帶來(lái)新的困難,如何解決這些問(wèn)題 ,有待進(jìn)一步研究。
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